PCR實驗室又稱臨床基因擴增檢驗實驗室，已逐漸成為檢驗領域*的一部分，原則上臨床基因擴增檢驗實驗室應當設置區域：試劑儲存和準備區、標本制備區、擴增區、擴增產物分析區。
PCR實驗室樣品準備和RNA-PCR RNA-PCR的額外步驟需要額外的樣品操作，這樣增加了樣品之間污染的機會。為了避免這一問題，反轉錄一步可以在樣品準備區進行。
PCR實驗室不同區域在物理空間上必須是完全相互獨立的，各區域無論是在空間上還是在使用中，應當始終處于完全的分隔狀態，不能有空氣的直接相通。
有關PCR實驗室不同區域的合并有以下兩種情況：
☆情況一
1.場景：使用實時熒光PCR儀；
2.依據：衛生部辦公廳關于《醫療機構臨床基因擴增管理辦法》的通知；醫療機構臨床基因擴增檢驗實驗室工作導則；
3.合并：擴增區、擴增產物分析區可合并。
☆情況二
1.場景：采用樣本處理、核酸提取及擴增檢測為一體的自動化分析儀；
2.依據：衛生部辦公廳關于《醫療機構臨床基因擴增管理辦法》的通知；醫療機構臨床基因擴增檢驗實驗室工作導則；
3.合并：標本制備區、擴增區、擴增產物分析區可合并。
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